Tugas Pokok dan Fungsi
Pengadilan Agama Wamena merupakan salah satu pelaksana kekuasaan kehakiman pada tingkat pertama bagi para pencari keadilan yang beragama Islam mengenai perkara perdata khusus di bidang : perkawinan, waris, wasiat, hibah, waqaf, zakat, infaq, shodaqoh, dan ekonomi syari’ah sesuai dengan Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 yang diubah dengan Undang-Undang Nomor 3 tahun 2006 dan kedua diubah dengan Undang-Undang Nomor 50 tahun 2009.
Untuk melaksanakan tugas-tugas pokok, Pengadilan Agama Wamena mempunyai fungsi sebagai berikut :
Fungsi Mengadili (judicial power), yaitu memeriksa dan mengadili perkara-perkara yang menjadi kewenangan Pengadilan Agama Wamena di wilayah Pengadilan Agama Wamena; (vide: Pasal 49 Undang-Undang No. 7 Tahun 1989 jo. Undang - Undang No. 3 Tahun 2006);
Fungsi Pengawasan, yaitu mengadakan pengawasan atas pelaksanaan tugas dan tingkah laku Hakim, Panitera/Sekretaris, dan seluruh jajarannya; (vide : Pasal 53 ayat (1) Undang -Undang No. 7 Tahun 1989 jo. Undang-Undang No. 3 Tahun 2006); serta terhadap pelaksanaan administrasi umum; (vide: Undang-Undang No. 4 Tahun 2004 tentang Kekuasaan Kehakiman). Pengawasan tersebut dilakukan secara berkala oleh Hakim Pengawas Bidang;
Fungsi Pembinaan, yaitu memberikan pengarahan, bimbingan dan petunjuk kepada jajarannya, baik yang menyangkut tugas teknis yustisial, administrasi peradilan maupun administrasi umum. (vide: Pasal 53 ayat (3) Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 jo. Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2006);
Fungsi Administratif, yaitu memberikan pelayanan administrasi kepaniteraan bagi perkara tingkat pertama serta penyitaan dan eksekusi, perkara banding, kasasi dan peninjauan kembali serta administrasi peradilan lainnya, dan memberikan pelayanan administrasi umum kepada semua unsur di lingkungan Pengadilan Agama Wamena (Bidang Kepegawaian, Bidang Keuangan dan Bidang Umum);
Fungsi Nasehat, yaitu memberikan keterangan, pertimbangan dan nasehat tentang hukum Islam pada instansi pemerintah di wilayah hukumnya, apabila diminta sebagaimana diatur dalam Pasal 52 ayat (1) Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama;
Fungsi lainnya, yaitu pelayanan terhadap penyuluhan hukum, riset dan penelitian serta lain sebagainya, seperti diatur dalam Keputusan Ketua Mahkamah Agung RI. Nomor: KMA/004/SK/II/1991.